AFP är ett plasmaprotein, som består av en enkel polypeptidkedja med en molekylmassa på 65-70 kDa och med ett kolhydratinnehåll på c:a 4%. Det förekommer normalt under fostertiden med maximal plasmakoncentration på c:a 2 g/L. Normala vuxennivåer (<c:a 10 ug/L ~10 kIE/L) nås under 2:a levnadsåret. AFP är en etablerad tumörmarkör som kliniskt används fr.a vid diagnostik och uppföljning av patienter med primär levercancer, germinalcellstumörer och testikelcancer. I dessa tumörer kan ses kraftigt förhöjda (upp till flera hundra tusen kIE/L) AFP-halter i serum. 70–95 % av patienterna med primärt hepatocellulärt karcinom har förhöjda AFP-värden.
Måttligt förhöjda serumnivåer (upp till några hundra kIE/L) kan förekomma vid snabb levercellsregeneration som vid levercirros eller hepatit.
Humant koriongonadotropin (hCG) och AFP är viktiga parametrar för att uppskatta överlevnadslängden för patienter med framskridna icke-seminomatösa könscelltumörer.